你是直接安装在PVE宿主机上了么？这样不太好吧，如你所说，影响系统（其实我觉得大部分时候不影响，但你安装docker环境毕竟是「污染」的原生系统，PVE它「不干净」了，这就存在很多潜在的问题。）
最好还是在LXC容器里或者虚拟机（也就是你说的第三种）里安装，这样就避免了上述问题，无论你怎么折腾，PVE宿主系统本身是不会受到任何影响的，从而也就不会影响到其他虚拟机或者LXC容器。
你所说的以上三种方式都没有所谓docker的图形化管理界面。
如果想要图形化管理界面，最主流的方式是同时创建一个Portainer容器，用它去管理其他docker容器，除了它之外还有很多docker管理面板，但好像还是Portainer最成熟；
另外还可以安装1Panel或者CasaOS这种后台管理面板，这个就不是docker容器了，更底层，不过是带了docker环境，如果你只是想用docker，可能会有点重，这种可能只适合用在虚拟机里。
不清楚你为什么要从群晖转移到PVE上，原先的能运行就用着呗
如果你是为了好玩折腾，我建议，先在PVE里创建个(๐•ᴗ•๐)untu或者Debian的桌面端虚拟机，找找教程尝试直接在Linux系统下使用docker，然后一步步慢慢深入。
我没用过群晖，最一开始是看教程直接从(๐•ᴗ•๐)untu的桌面端系统上手的，慢慢折腾了一段时间，适应了命令行就开始使用服务器版的(๐•ᴗ•๐)untu（租了个很便宜的VPS玩）不再使用桌面端辅助。
其实我觉得基础的东西还是很好学的，就那些常用的命令，多折腾几次就记住了。
图形化安装和管理容器有个问题，就是一些复杂的有很多依赖的容器不好创建，比如LibreChat，要创建五个容器，如果按官方给的教程，配置好env文件再用docker compose部署，还是很方便的，但要是想用图形化的界面部署会很麻烦（反正在Unraid里部署会比较麻烦，或者不能完整使用全部功能，比如L(๐•ᴗ•๐)eChat的DB版）
对于PVE，我其实也不是很懂，尤其对LXC的理解不透彻，总感觉LXC容器好像也是先构建一个Linux系统然后安装docker环境，感觉这与直接创建虚拟机没多大区别（模板快照备份这些特性除外），期待有大佬能聊聊这方面的事。
